Η Ελληνική Υπηρεσία Πληροφοριών (ΕΥΠ) είχε λάβει ήδη από τα μέσα της δεκαετίας του ’90 πληροφορίες ότι τα εξτρεμιστικά Ισλαμιστικά στοιχεία που μετέπειτα απασχόλησαν τη διεθνή κοινή γνώμη ως φορείς πολύνεκρων τρομοκρατικών επιθέσεων, είχαν είτε περάσει είτε εγκατασταθεί για ένα διάστημα στη χώρα.
Λόγω και της προετοιμασίας για τους Ολυμπιακούς Αγώνες του 2004, συστηματική παρακολούθηση πυρήνων εξτρεμιστών, κυρίως στην Αθήνα έλαβε χώρα με τουλάχιστον 2.000 υπόπτους ενώ άλλα 50.000 άτομα τέθηκαν σε βάσεις αρχείου λόγω διασυνδέσεων η ενδείξεων για τυχόν μελλοντική δράση. Εκείνη την περίοδο Έλληνες αξιωματούχοι και στελέχη της Ε.Λ.Α.Σ, εκπαιδεύτηκαν σε θέματα ασσύμετρων απειλών και της σύγχρονης τρομοκρατικής δράσης στις ΗΠΑ, Βρετανία, Ισραήλ, Γαλλία και άλλες χώρες ενώ τέθηκε σε εφαρμογή ένα συνεχές σύστημα ανταλλαγής πληροφοριών που εκ του αποτελέσματος αποδείχθηκε απολύτως επιτυχές.